我们每个人的细胞中，都具有先天性的遗传密码DNA，它们是由30多亿个碱基对组成。在这庞大数目的碱基序列中，每个人都大概具有300-400万以上的单碱基突变（也就是胚系突变），就是这些人体内基因组变化的存在，导致了人与人之间的差异性。目前单碱基突变是国际领域研究最充分的，也是基因检测主要关注的内容。 目前临床上基因检测的方法大概有两种，第一种是PCR方法，即聚合酶链式反应方法。它是一种用于放大扩增特定DNA片段的分子生物学技术，通过设计野生型和突变型两种探针检测靶基因位置上的突变情况。如果存在基因突变，在内切酶的作用下就会产生相应的荧光信号。但是此方法存在一定的局限性，比如它只能特定的检测到某几个基因的变化，无法基于基因组上的所有基因进行大规模的筛查。 第二种基因检测的方法，就是基因组测序方法。随着二代测序技术的普及，临床上可以用一份标本来检测多个基因的突变，并且检测的标本可以是组织，血液和尿液等等。这其中基因组测序方法又分为全基因组测序方法（Whole Genome Sequencing，WGS）、全外显子组测序方法（Whole Exosome Sequencing，WES）和panel测序方法。 全基因组测序方法（Whole Genome Sequencing，WGS） 全基因组测序方法即WGS方法，可以理解为在测序过程中检测人体细胞内30亿碱基序列的方法，它可以更全面地挖掘全基因组范围内的序列差异和结构变异，其中包括单碱基突变、插入缺失变异、拷贝数变异和结构变异。全基因组测序目前已经成为人类遗传学、转化医学和群体进化领域最为迅速而有效的方法之一，但是由于它的测序广度较大，造成测序的成本过高，目前应用于科研研究领域的较多，并不适合于现有临床上的基因检测。 全外显子组测序方法 （Whole Exosome Sequencing，WES） 在人体细胞的基因结构中，组成成分分为外显子和内含子，通常认为外显子在选择性剪切的过程中形成mRNA，并在之后编码蛋白质的过程中发挥重要的作用。外显子区域虽然仅占基因组1.5%的比例，包含2.2万个基因，但超过85%的孟德尔遗传病都与该区域有关。因此在检测方法上WES较WGS更具成本效益。WGS可以理解成检测人体全部30亿碱基的DNA序列，而WES则是只定向检测外显子区域的DNA序列。在测序量上，两种方法在同样总数据量的情况下，WES的测序深度要显著比WGS深很多，因此现有的基因检测方法更倾向于选择WES。 Panel测序 Panel测序即针对想要检测的基因区域特定的设计探针，相比较于WES方法，它的检测的区域更具有靶向性，适用于大样本量的特定基因集合的检测。但是Panel测序意味着需要设计大量的靶向探针，其单个样本的成本要比已经成熟的WES技术高很多。所以基于现有的测序环境，WES是更适合患者进行基因检测的技术。 02.基因检测的适应情况及检测指标 根据NCCN指南推荐符合标准的前列腺癌患者都应进行基因检测来评估患者的突变情况，比如患者的AR基因如果存在H875Y, T878A, L702H等突变，那么患者对于阿比特龙可能就具有耐药性。其次，对于有前列腺癌家族史的人群，基因检测也可以成为辅助的诊疗手段。假如家族中有多位男性长辈患有前列腺癌，那么这样的情况下也可以进行基因检测来评估患癌的风险。 前列腺癌基因检测的样品，最常见的就是手术取得肿瘤组织和患者的血液。肿瘤组织中存在有癌细胞，所以做基因检测是准确性相对较高，但当患者不考虑手术治疗时，用外周血中肿瘤来源的DNA来做基因检测则是最优选的方法。 血浆中存在很多种游离DNA，被统一称为细胞游离DNA（cell-free DNA，cfDNA），这其中主要为基因检测提供信息的就是ctDNA（circulating tumor DNA）。血浆中的游离DNA关系图如上图所示。在肿瘤病人疾病进展的过程中，一部分肿瘤细胞会发生凋亡并将自身的DNA片段释放到体液中，这样血液中就含有肿瘤相关的DNA片段，在基因检测的过程中将患者白细胞中的DNA作为对照组，血浆中的cfDNA作为分析组，利用标准化分析流程来确定患者的突变位点。 在基因检测中还经常会听到两个容易混淆的概念，就是体细胞突变和胚系突变，目前针对肿瘤细胞的检测一般都是指的体细胞突变。这种后天的基因突变，也就是体细胞突变是不会遗传给下一代的，只有人在胚胎发育期就携带的变异，即胚系突变才会遗传给下一代。很多易患癌症的家族，一般都是因为胚系突变的遗传特性导致的。可以理解成胚系突变是与生俱来的，而体细胞突变是随着疾病发展而动态发生的。基因检测方法简介｜METHODS
